禽霍乱菌苗的免疫效果不够理想。在禽霍乱常发或流行严重的地区，可以考虑接种菌苗进行预防。
目前国内使用的菌苗有弱毒菌苗和灭活菌苗两种，弱毒菌苗有禽霍乱731弱毒菌苗、禽霍乱G190E40弱毒菌苗等，免疫期为3～3.5个月。灭活菌苗有禽霍乱氢氧化铝菌苗、禽霍乱油乳剂灭活菌苗等，免疫期为3～6个月。弱毒菌苗一般在6～8周龄进行首免，10～12周龄进行再次免疫，常采用饮水途径接种。灭活菌苗一般在10～12周龄首免，肌肉注射2ml,16～18周龄再加强免疫一次。此外，有条件的地区或养禽场，可用病禽肝脏作成禽霍乱组织灭活菌苗，一般是每只禽肌肉注射2ml，也可从病死分离出菌株，制成氢氧化铝甲醛菌苗用于当地禽霍乱的预防，免疫效果良好。
