鸡黑头病的病原是组织滴虫，它是一种很小的原虫。该原虫有两种形式：一种是组织型原虫，寄生在细胞里，虫体呈圆形或卵圆形，没有鞭毛，大小约为 6～20微米;另一种是肠腔型原虫，寄生在盲肠腔的内容物中，虫体呈阿米巴状，直径为5～30微米，具有一根鞭毛，在显微镜下可以见到鞭毛的运动。
随病鸡粪排出的虫体，在外界环境中能生存很久，鸡食入这些虫体便可感染。但主要的传染方式，是通过寄生在盲肠内的异刺线虫的卵而传播的。当异刺线虫在病鸡体内寄生时，其虫卵内可带上组织滴虫。异刺线虫卵中约有0.5%带有这种组织滴虫。这些虫在线虫卵壳的保护下，随粪便排出体外，在外界环境中能生存2～3 年。当外界环境条件适宜时，则发育为感染性虫卵。鸡吞食了这样的虫卵后，卵壳被消化，线虫的幼虫和组织滴虫一起被施放出来，共同移行至盲肠部位繁殖，进入血液。线虫幼虫对盲肠粘膜的机械性刺激，促进盲肠肝炎的发生。组织滴虫钻入肠壁繁殖进入血液，寄生于肝脏。
