需与本病鉴别的疾病有球虫病、坏死性肠炎和组织滴虫病。
(一)球虫病 常与溃疡性肠炎并发感染。球虫病肠道出血严重，粪便涂片可见到球虫卵囊。
(二)坏死性肠炎 与本病是两种不同的病，要从临床症状及病理变化上进行鉴别，病变主要在空肠和回肠，有纤维素性坏死，病原为产气荚膜梭菌。
(三)组织滴虫病 盲肠内容物为干酪样栓，肝脏上有大小不等的碟形坏死区;而溃疡性肠炎的盲肠上有溃疡灶，肝脏上有坏死灶，脾出血肿大。
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