防制球虫病必须严格执行消毒卫生制度，如果场地已被严重污染，应将鹅移至未污染的场地饲养。粪便要及时清除，并作发酵处理。雏、幼鹅和成鹅应分开饲养。在球虫病流行季节即将开始前或流行季节，可定期在饲料中添加抗球虫药(如杀球灵、盐霉素等)混饲，但屠宰前1周应停药。
治疗球虫病的药物很多，一般可针对实际情况选用下列药物：氨丙啉，剂量为10毫克/千克体重，混饲，进喂3天。球虫宁，剂量为30毫克/千克体重，混饲，进喂3天。磺胺-6-甲氧嘧啶(制菌磺、SMM)和三甲氧苄氨嘧啶增效剂(TMP)合剂，二者的混合比例为5:1，合剂的用量为0.04%混合在粉料中，连喂7天，停药3天，再喂3天，有良好疗效。甲硝唑，按0.12%的剂量混饲4天，对小肠中球虫症较为**。呋喃唑酮(痢特灵)，500毫克/千克饲料，混饲。
雏鹅可选用以下药物：呋喃唑酮(痢特灵)，剂量为0.03%～0.04%，混饲或饮水喂服或饮服。硝基酰胺(球痢灵)，剂量为0.025%～0.03%，混饲，服用3～5天。
此外，国产球克(海南霉素钠)、球圣—21(含25%尼卡巴嗪和4%球虫脂)、长效氨丙啉、尼卡巴嗪(球博士)和治疗鸡球虫病的药物对鹅球虫病也均有疗效。
