组织学研究表明鸡肠道上皮表面有细菌附着。嗉囊内表面附着有乳酸杆菌，一些粪链球菌(Streptococcus faecium)则附着在小肠的上皮上。上皮细胞里还埋植一些丝状细菌，后者会使上皮微绒毛边缘扭曲变形。盲肠的粘膜层以厌氧菌为主。
微生物对肠道形态的影响在鸡比哺乳动物更**。已知常规鸡与无菌鸡相比，两者的小肠长度一样，但前者的重量要比后者的大，十二指肠绒毛及固有膜的面积也比后者的大。体外试验表明常规鸡的小肠吸收转移营养素的能力比无菌鸡的小，但活体试验的结果不一致，也许是影响因素太多之缘故。小肠粘膜的上皮细胞**受微生物的影响：在无菌状态下刷状缘宽，单位肠道面积的总微绒毛面积更大；常规鸡肠上皮细胞隐窝更深，分裂活力更强，代谢周转更快，肠蠕动速度更大。这种差别在回肠末端更**。
嗉囊里的微生物主要是乳酸菌，产生酸和短链的脂肪酸。嗦囊里有时存在着能发酵淀粉的乳酸菌，但这部分内源细菌淀粉酶在鸡营养方面的作用不大，因为手术摘除嗉囊对鸡的生长速度和饲料利用率的影响不大。
无菌鸡肠道的内容物及粪便中比常规鸡的含有更有的氨基酸，食用无氮日粮时，前者的内源氮排出量要高。肠道微生物能利用非蛋白氮合成禽类能利用的氨基酸；脲酶水解尿素生成氨，如果宿主吸收则可用于合成非必需氨基酸。
无菌鸡与常规鸡在有**的饲料转化效率及**快生长速度条件下对氨基酸的需要量无差异；但当日粮氨基酸含量很低时，常规鸡生长较好，这可能由于细菌的存在加强了内源氮的循环利用。一般来讲，在生产实际条件下肠道微生物对家禽体内氮利用的影响不**。
家禽肠道内微生物能合成B族维生素，但能吸收的量不足以满足宿主的需要。含植物凝血素、果胶和可溶性非淀粉多糖的饲料，如青豆、小麦、大麦和黑麦等会增加微生物在肠上皮上的附着，抑制鸡的生长。粪链球菌的抑制生长作用**而且****，粪链球菌能解离牛黄胆酸和脱氧牛黄胆酸，因此干扰了脂肪的消化及吸收。但有些菌对雏禽的生长确实是有益的，譬如饲喂乳酸菌能促进雏鸡生长。