微生态平衡是具体的概念，不同动物、不同发育阶段、不同解剖部位或生境，差异很大，各有其平衡的指标。微生态平衡是微生物与宿主问动态的生理性平衡状态，在各级生态组织与其相应的生态空间内各成员间存在着相互制约、相互依存和互为因果的关系。因此，判定这个机能上相对稳定的生态平衡系统的指标应是动态的。
微生态平衡指标应包括微生物与宿主两个方面。长期以来，人们的研究一直侧重于菌群本身的表现，认为菌群失调就是菌群平衡的反面。这是不足的，因为构成生物体的各生态系统既包括菌群，又包括宿主，还包括非生物环境，并且每一部分都影响另一部分的特征。
